Nella sede storica, all'interno del complesso universitario è rimasto un importante nucleo di collezioni del museo naturalistico, istituito da J.B. Fourcault nel 1764. Si ricordano la raccolta sistematica dei vertebrati, con numerose specie rare o estinte; la raccolta di anatomia comparata; la raccolta Piola, con materiale etnografico congolese. Di interesse tale da costituire un museo distinto è la raccolta Bottego, con oltre 600 esemplari catturati dal capitano Vittorio Bottego nel 1889-1890 nella zona di Massaua, Asmara, Cheren. Di rilievo le madrepore provenienti dal golfo di Massaua. La sezione didattica del museo, con sede all'interno dell'Orto botanico, comprende: la raccolta sistematica degli invertebrati; la fauna del Parmense, il cui nucleo fondamentale è la raccolta Del Prato risalente al XIX secolo; la Biblioteca ornitologica Tornielli; la sala dell'evoluzione biologica e della fauna urbana; la collezione Ferrante, di materiale prevalentemente etnografico raccolto in Congo; la sala don Boarini con una ricca raccolta di farfalle (oltre 10.800 esemplari) provenienti da tutto il mondo; le sale paleontologiche Pellegrino Strobel dedicate a fossili di grandi vertebrati che popolavano nel passato l'area padana