Ha sede nel palazzo Costabili, detto di Ludovico il Moro, eretto su progetto di Biagio Rossetti (1495-1504), ma rimasto incompiuto. Il museo, costituito nel 1935, conserva i materiali provenienti dalle 4.000 tombe della necropoli di Spina, fiorente porto commerciale etrusco dal VI al III secolo a.C. Importante è la raccolta di vasi attici a figure rosse (VI-V secolo a.C.)