Completamente rinnovato dopo il trasferimento in una villa in stile Liberty ristrutturata, il percorso di visita ha inizio con la sezione delle Sabbie che rappresenta idealmente la polvere cosmica da cui ha origine il mondo; continua con le sezioni litologica, mineralogica, paleontologica (con l'Emiliomya malnatensis, fossile pliocenico ritrovato a Malnate); la sezione paletnologica racconta l'evoluzione umana attraverso i calchi dei crani dei primi ominidi; infine la sezione gemnologica e la sala studio con più di 800 pubblicazioni di archeologia, paletnologia, arte e storia