Dal 1929 le collezioni sono sistemate nel chiostro romanico e in alcuni ambienti del monastero di S. Sofia, complesso monumentale le cui prime fondazioni risalgono alla seconda metà dell'VIII secolo. Il museo comprende una significativa sezione archeologica, con reperti di fattura dauna, greca e italica (suppellettili e manufatti), esemplari originari di statuaria egizia e romana, materiali risalenti al periodo preistorico e protostorico. Sono inoltre esposti armi e oggetti d'uso ritrovati in corredi tombali longobardi scoperti nelle vicinanze di Benevento. Il museo accoglie anche una pinacoteca, con opere di artisti meridionali dal XVI al XX secolo, una sezione numismatica e frammenti degli amboni trecenteschi realizzati da Nicola Monteforte per il Duomo