Oggi comprende, oltre all'apparato decorativo dell'ex chiesa, la Pinacoteca allestita in ambienti dell'ex convento.<br>Nella chiesa si ammirano gli affreschi di Benozzo Gozzoli nella cappella di S. Girolamo, e di Jacopo Vincioli (assieme a un collaboratore) nella cappella di S. Bernardino. Del Maestro Espressionista di Santa Chiara è il Crocifisso sagomato nella terza campata; la quarta e quinta campata conservano affreschi di Giovanni di Corraduccio. Ma è l'abside centrale a catalizzare l'attenzione del visitatore, con il ciclo di affreschi delle storie di S. Francesco, eseguiti nel 1452 da Benozzo Gozzoli. Ritornati nella navata maggiore, si segnala nella cappella Bontadosi (1589) una pala d'altare di Ascensidonio Spacca; quindi la nicchia di S. Andrea, affrescata da Tiberio d'Assisi (1510), e la grande edicola con affreschi '600 del Perugino. Al primo piano in un unico ambiente è stata sistemata la Pinacoteca con dipinti di artisti non solo umbri dei secoli XII-XVII: Francesco Melanzio, Antoniazzo Romano, bottega di Melazzo da Forlì, cerchia dell'Alunno; e, in due sale separate, una raccolta di oggetti d'uso comune ed ecclesiastico.<br>Nella cripta semi circolare trova posto una raccolta lapidaria con reperti archeologici e lapidei, tra cui la statua del cosiddetto Ercole montefalchese (II-III secolo d.C.). Durante recenti lavori di ristrutturazione del Museo, sono stati riportati alla luce gli antichi opifici del convento per la produzione del vino, riallestiti con materiali originali del XVIII-XIX secolo.<br>Da porta della Rocca, in fondo a via Ringhiera Umbra, si può godere uno splendido panorama verso la valle del Topino e la piana del Clitunno.