Il museo prende il nome dal palazzo quattrocentesco che lo ospita, noto soprattutto per gli affreschi rinascimentali del salone dei Mesi eseguiti da Francesco del Cossa, Ercole de' Roberti e altri artisti ferraresi del Quattrocento. Si segnalano un nucleo di marmi classici; la collezione numismatica con medaglie del XV-XVI secolo; le ceramiche ferraresi graffite del XV-XVI secolo; le raccolte di bronzi e vasi etruschi, romani e rinascimentali. Rilevante, infine, la serie dei codici miniati da artisti ferraresi del XV secolo