Nelle acque dell'isola, nel 1986 è nata la prima area marina protetta d'Italia, alla quale nel 1997 si è aggiunta appunto la Riserva naturale Isola di Ùstica, per la protezione e la tutela della parte terrestre. Cernie brune di dimensioni ragguardevoli si muovono eleganti tra le rocce degli spettacolari fondali, mentre polpi si nascondono nelle fessure in attesa delle prede. Gorgonie, attinie, i rarissimi coralli neri del Mediterraneo, coloratissimi molluschi nudibranchi e pesci pelagici si lasciano osservare senza timore. Anche a chi non pratica sport subacquei è data la possibilità di osservare i fondali e i ricchi banchi di pesci da barche con il fondo trasparente. Interessante anche l'osservazione degli uccelli nei periodi di migrazione.