Adiacente alla basilica di S. Eustorgio, custodisce dipinti e sculture legati al periodo tra l'antico e il nuovo testamento di artisti rinascimentali quali Lanzani, Vermiglio o Chignoli. Tra le opere, di notevole importanza la collezione di Giovanni Maria Morone, costituita da dipinti d'arte lombarda e arazzi donati alla comunità eustorgiana. Accedendo al museo è visitabile la Necropoli paleocristiana, rinvenuta dagli scavi del 1959-61 e recentemente restaurata, l'ex sala Capitolare del primitivo convento domenicano, la sacrestia monumentale, le Cappelle Solariane e la Cappella Portinari, costruita nel 1462 per il nobile Pigello Portinari, che conserva gli affreschi di Vincenzo Foppa ed è considerata una delle opere più belle del rinascimento