Sito al piano rialzato del palazzo, rappresenta un’inestimabile documento della cultura museologica del tardo Ottocento, e tra i più antichi d’Italia; è anch’esso conservato negli arredi originari e nell’allestimento immediatamente posteriore alla morte del Chierici; notevoli le raccolte etnografiche (Antonio Spagni) degli indiani delle grandi pianure del Nord America.