A sud di Trapani, il mare forma una vasta e bella laguna chiamata Stagnone (oggi riserva naturale), chiusa a occidente dall'isola Longa e a oriente dalla costa siciliana. Dallo specchio d'acqua emergono, oltre alle chiome verdi della summenzionata isola Longa, gli isolotti di Santa Maria e di San Pantaleo. Il luogo presentava fin dall'antichità i requisiti tipici per uno stanziamento: una piccola isola in prossimità della costa, circondata da bassi fondali, in grado di garantire una buona difesa e un sicuro attracco per le navi su versanti opposti rispetto ai venti prevalenti. E fu qui infatti, sull'isola di San Pantaleo, che i punici fondarono, alla fine dell'VIII secolo a.C., la città di Mothya, i cui ruderi si raggiungono in barca da due imbarcaderi sulla prospiciente costa delle saline da un moletto sulla costa siciliana. Per la sua posizione felice, dovuta alla vicinanza con l'Africa e all'essere punto di transito obbligato per le rotte commerciali verso la Spagna, la Sardegna e l'Italia centrale, divenne ben presto una delle più floride colonie puniche del Mediterraneo. La presenza in Sicilia dei greci, con cui i fenici avevano alcuni scambi commerciali ma anche contatti non sempre amichevoli, causò guerre che, dopo alterne vicende, provocarono infine la distruzione di Mozia, a opera di Dionisio II di Siracusa, nel 397 a.C.; i superstiti si trasferirono sull'opposta costa siciliana, fondando la città di Libeo, l'odierna Marsala. Conserva e tramanda memoria della storia della città la Fondazione Giuseppe Whitaker, allestita nella villa ottocentesca appartenuta a colui che, all’inizio del ‘900, portò alla luce i primi resti dell’antico abitato. La collezione raccoglie i circa 10 000 pezzi rinvenuti nel corso degli scavi compiuti da Whitaker e quelli scoperti durante le più recenti ricerche, tra i quali spicca il Giovane in tunica, una magnifica statua greca in marmo della seconda metà del v secolo a.C., che testimonia la continuità di rapporti tra la Mothya punica e il mondo greco siciliano e orientale. Tra i materiali fenici, notevoli le brocche provenienti dalla necropoli, le stele in pietra con raffigurazioni simboliche e antropomorfe, le maschere, le armi, gli oggetti di lavoro e di uso quotidiano.