Nell'antico appartamento canonicale della cattedrale di Santa Maria Assunta, un percorso di 13 sale, disposto su due livelli, con due collezioni di opere comprese tra il IV secolo a.C. e il XIX d.C. La prima è dedicata al sacerdote, giornalista e storico Angelo Luigi Stoppa e presenta tesori, da lui raccolti, appartenenti alla cattedrale e a diverse chiese di Novara; la seconda è dedicata al canonico Carlo Francesco Franconi, un vero e proprio museo lapidario con cippi celto-romani, are ed epigrafi. I musei espongono diversi materiali lapidei medioevali, statue in terracotta legate alla Crocifissione e alla Deposizione di Cristo, databili al XVII sec., paramenti, reliquie, arredi sacri, sculture lignee, reperti archeologici, manoscritti e monete romane risalenti all’età classica, rinascimentale e moderna. Nella sala Capitolare del museo merita menzione il restauro dell'affresco del 1487 del Crocifisso con Maria e Giovanni, realizzato dal pittore novarese Giovanni Antonio Merli (1474-1507)