È allestito nella cripta del duomo, suddivisa in due nuclei essenziali: il coro Jemale e lo scurolo di Carlo Borromeo. Raccoglie un patrimonio d'arte accumulato nei secoli grazie a donazioni a favore della Sagrestia capitolare. Nelle sale si ammirano opere di oreficeria, avori dal V al XVIII secolo e oggetti liturgici. Nello scurolo di S. Carlo (visita gratuita), cappella ottagonale progettata nel 1606 da F.M. Richini, si trova l'urna a sarcofago con il corpo del Borromeo, preziosa opera in argento e cristallo di rocca realizzata su disegno del Cerano nel 1638.