Ubicata sotto il livello delle Sacre Grotte, in corrispondenza della navata centrale della basilica, è costituita da sei sale dove sono raccolte lastre tombali, monumenti funebri e rilievi, tra gli altri, di Giovanni Dalmata, Paolo Taccone, Paolo da Siena. La visita si svolge lungo un passaggio sul quale affacciano mausolei - ciascuno attribuito a una famiglia che è spesso ricordata da una lapide - databili tra il II e l'inizio del IV secolo, ornati da pregevoli pitture, stucchi e mosaici, e con cavità per le urne cinerarie. Un monumento modesto costituito da due nicchie sovrapposte, indica la sepoltura originaria di Pietro.