Dalla chiesa di S. Eustorgio si accede alla cappella Portinari, fiore all'occhiello del Museo della basilica, di cui fanno parte anche i sotterranei ambienti del cimitero paleocristiano, la Sala capitolare e la Sagrestia monumentale. Fra le prime e migliori realizzazioni rinascimentali in città (1462-66), commissionata dal nobile fiorentino Pigello Portinari, procuratore a Milano del Banco dei Medici, la cappella contamina il linguaggio artistico lombardo con quello toscano. L'architettura è opera di un maestro locale in contatto con ambienti fiorentini. Nel tamburo si dipana una teoria di angeli reggifestoni a stucco. La fascia superiore presenta gli straordinari affreschi di Vincenzo Foppa dedicati alle Storie di S. Pietro martire (1468). Al centro della cappella, l'arca di S. Pietro martire (1336-39), capolavoro marmoreo di Giovanni di Balduccio e aiuti, dà sepoltura al domenicano Pietro da Verona, persecutore dei catari, ucciso a Barlassina nel 1252: i rilievi, ricchissimi di dettagli e di virtuosismi, compongono un impianto iconografico assai complesso. La basilica e il museo, con il Museo Diocesano, costituiscono un unicum monumentale articolato intorno ai meravigliosi chiostri di S. Eustorgio.