Dal cortile sul fianco sinistro della chiesa si accede al chiostro delle Clarisse di fondazione trecentesca, ma completamente trasformato nel '700 nel più leggiadro e frivolo stile rococò. È in quest'epoca che il chiostro viene ricoperto da 30 000 "riggiole" (termine napoletano che deriva dal catalano"rajola", piastrella) di maioliche policrome, ove i colori - giallo, verde, azzurro - sono gli stessi del cielo, della vite, dei glicini e dei limoni che crescono tra i pilastri su cui poggiano i pergolati, in una sorta di fusione tra artificio e natura. Sugli schienali delle sedute dall'andamento curvilineo si sviluppano soggetti di vita mondana - la caccia, la pesca, le danze e la musica - elemento irrinunciabile del folklore partenopeo, e si illustrano paesaggi e vedute fantastiche di gioiosa vitalità. I temi, privi di qualsiasi riferimento al sacro, quasi a compensare le rinunce della vita claustrale, danno vita a un raffinato, “laico" giardino rustico, ideato da Domenico Antonio Vaccaro (pittore, scultore, architetto e decoratore) e nel 1739 affidato per la realizzazione delle maioliche a Giuseppe e Donato Massa. Gli ambulacri che circondano il chiostro recano affreschi seicenteschi con storie francescane: da quello settentrionale si accede a una sala con un presepe dell'epoca di Ferdinando IV di Barbone e alla Biblioteca.