Il museo è composto dalle sezioni di geologia-petrografia, idrologia-ghiacciai e valanghe, giacimentologia, geomorfologia, speleologia. Comprende inoltre una raccolta di sassi del Ticino di Ubaldo Baroli. Una sezione pone in evidenza la differenza morfologica fra i sassi del fiume Toce e quelli del Ticino; un’altra è dedicata all'oro fluviale e a quello delle miniere ossolane