Vi si accede da un atrio sotto i portici e attraverso il seicentesco scalone delle Duchesse si sale al piano nobile. Nella prima sala è esposta La cacciata dei Bonacolsi da parte dei Gonzaga (1494), tela di Domenico Morone e celebre raffigurazione della città quattrocentesca. Si passa quindi al lungo corridoio detto del Passerino, che corre per 65 m lungo tutta la facciata su piazza Sordello. Restauri d’inizio ’900 ne hanno riportato alla luce il soffitto policromo (XIV secolo). Dal corridoio si passa all’appartamento di Guastalla, sei stanze, ristrutturate tra ’500 e ’600 da Antonio Maria Viani, che affacciano sul cortile della piazza Lega Lombarda e in cui abitò Anna Isabella dei Gonzaga di Guastalla, ultima duchessa di Mantova. Vi trovano posto raccolte di dipinti, sculture medievali e rinascimentali (tra cui cinque terrecotte di scuola mantegnesca) e oggetti di uso comune; nella stanza delle Imprese si conserva un ciclo di affreschi di fine ’300, tra cui una grande Crocifissione, che ornavano una preesistente cappella. Si passa quindi, scendendo alcuni gradini, nell’attigua sala del Pisanello, che non appartiene più al palazzo del Capitano ma a un edificio medievale adiacente: i restauri (1969-72) vi hanno riportato alla luce il meraviglioso ciclo cavalleresco dipinto dal Pisanello - attivo a Mantova tra il 1422 e il 1447 - ad affresco con rifiniture a tempera e applicazioni a pastiglia dorata o argentata, sulla parete lunga e su quella di sinistra rimasto allo stadio di sinopia. Si attraversa la sala dei Papi dov'è esposta la sinopia del ciclo cavalleresco di Pisanello e si prosegue nella seicentesca galleria Nuova, lungo corridoio affacciato sul cortile d'Onore in cui sono esposte pale d'altare provenienti da chiese mantovane demolite o soppresse. Attraverso la galleria degli Specchi con volta affrescata sotto la direzione di Antonio Maria Viani, si passa nell'appartamento Ducale.