Per fondarla si scelse il luogo dove, secondo un'errata tradizione, S. Pietro avrebbe convertito i santi Candida e Aspreno, ma l'aspetto attuale si deve ai lavori per l'apertura del Rettifilo, quando l'annesso convento fu demolito (le colonne del chiostro sono ora nel vestibolo della chiesa di S. Aspreno al Porto) e la chiesa venne rivestita di forme eclettiche. Nel vestibolo è il cosiddetto altare di S. Pietro (XII secolo); sulla parete, Messa di S. Pietro, affresco del '500 con una tra le più antiche vedute dipinte della città. Accanto, la porta murata che, per un privilegio abolito nel 1600, veniva aperta per celebrare il Giubileo l'anno successivo a quello romano. Dal transetto sinistro si scende a una cripta a otto colonne e alle adiacenti catacombe.