È uno dei gioielli del rinascimento lombardo, sorto per iniziativa civica a seguito di alcuni miracoli attribuiti all’immagine di una Madonna affrescata presso l’edificio di uno scandaloso postribolo, ma ben calato nel clima di rinnovamento culturale e artistico promosso dal vescovo Carlo Pallavicino. La costruzione, iniziata nel 1488-89 da Giovanni Battagio e terminata nel 1493 sotto la guida di Gian Giacomo Dolcebuono, è un precoce esempio di applicazione in Lombardia dell’idea bramantesca di edificio a pianta centrale. Per meglio cogliere l’insieme architettonico conviene aggirare la chiesa da via Solferino ed entrare nel chiostro: l’edificio ottagonale a due ordini è coperto da una cupola con lanterna; accanto, l’unico campanile realizzato (Lorenzo Maggi, 1503) della coppia prevista. L’impatto con lo sfolgorante cromatismo delle decorazioni e degli arredi pittorici dell’interno, cui si accede attraverso un breve portico, è impressionante. In origine, alla fine del ’400, la chiesa venne affrescata dai fratelli Della Chiesa e dal Bergognone; ma fu nel ’500 che l’intervento decorativo, affidato per parecchi decenni alla bottega lodigiana dei Piazza, assunse i tratti di straordinario omogeneo laboratorio stilistico. I Piazza attesero ai dipinti ospitati negli otto nicchioni dell’ordine inferiore e insieme alla decorazione delle lesene, che accosta putti, figure mitologiche ed elementi floreali. Fra tutte le loro mani spicca quella di Callisto (1500-62). L'ordine superiore è alleggerito da un loggiato a colonnine con bifore e reca una ricca decorazione ottocentesca. Il nicchione d’ingresso è ornato dalle storie di Abramo (1562) di Fulvio Piazza e, sopra la porta, da un’Epifania attribuita a Callisto. Nel nicchione dell’organo (1507), le ante dipinte dai Della Chiesa raffigurano, aperte, una Madonna col Bambino e S. Caterina, chiuse S. Bassiano e S. Alberto, patroni di Lodi. La cappella di S. Paolo ha all’altare una Conversione di S. Paolo di Callisto Piazza e ai lati quattro splendide tavole del Bergognone con storie di Maria: a sinistra, Annunciazione ed Epifania; a destra, Visitazione e Presentazione di Gesù al tempio. Quest’ultima, mirabile sintesi di realismo lombardo e intensità espressiva fiamminga, raffigura il tempio dell’Incoronata come doveva essere alla fine del ’400, prima dell’intervento dei Piazza. La cappella del Battista è interamente decorata da Callisto (Decollazione del Battista, sull’altare; a destra, Predicazione e Banchetto di Erode; a sinistra, Natività del Battista e Battesimo di Gesù). La cappella maggiore conserva sull’altare principale l’affresco miracoloso, forse trecentesco, all’origine del santuario; dietro l’altare, il gonfalone con l’Incoronazione di Maria (1519) di Alberto Piazza. La cappella venne rifatta con nuova abside e coro alla fine del ’600, su progetto di Carlo Fontana e affrescata dal Legnanino (Incoronazione di Ester). La cappella della Crocifissione venne dipinta da Callisto con l’aiuto dei fratelli (1538), ma la pala d’altare, una Deposizione, è una copia di Fulvio Piazza del perduto originale paterno. Nella cappella di S. Antonio abate, il polittico Berinzaghi (dal nome del committente) è opera di Alberto Piazza, mentre Scipione e Callisto sono autori delle quattro storie di S. Antonio ai lati. Sotto il nicchione della cantoria in basso a destra sono un affresco di Giovanni della Chiesa di fine ’400 (Madonna col Bambino) e la Tavola Trivulzio (Madonna, santi e committente, 1509) di Alberto Piazza. L’ordine superiore è alleggerito da un loggiato a colonnine con bifore e reca una ricca decorazione ottocentesca. Nei sotterranei della sagrestia ha sede il Museo dell’Incoronata, che raccoglie preziosi arredi sacri e argenterie.