La chiesa venne eretta forse in età altomedievale sulla casa dei genitori del santo, come vuole la tradizione. Ristrutturata più volte, conserva la facciata dell'edificio trecentesco, ricostruita dopo il 1859 solo nella parte superiore e aperta da un pregevole portale gotico con rilievi e imposte lignee del 1578. Sul fianco destro si allunga il cinquecentesco portico delle Misure, sotto il quale sono esposte, su un banco di pietra, nove misure locali antiche per cereali. All'interno della chiesa, una Madonna e santi nursini di Vincenzo Manenti e un grande coro ligneo cinquecentesco; per due scalette laterali poste nell'abside si scende nella cripta a tre navate, che la tradizione indica come luogo dove sarebbero nati Benedetto e la gemella Scolastica; qui sono custoditi S. Benedetto e Totila di Filippo Napoletano (1621) e Risurrezione di Lazzaro di Michelangelo Carducci (1560).