In epoca medievale era pertinente al monastero delle Clarisse, ricostruito dopo il sisma del 1293 per volere di Maria d'Ungheria. All'inizio del XVII secolo le monache, in sintonia con i gusti del tempo, fecero costruire la nuova chiesa barocca, preceduta da una maestosa scala di piperno, annettendo l'antica chiesa gotica di S. Maria Donnaregina Vecchia alla zona della clausura. I due edifici rimasero legati attraverso gli spazi absidali fino al 1928-34, quando vennero separati da una distanza di sei metri. Il primo, restaurato nel 2007, ospita oggi il Museo Diocesano.