Per la patrona della città di Catania il Vaccarini ideò nel 1735-67 la chiesa della badia di S. Agata, sulla via Vittorio Emanuele, conclusa dalla massa poderosa di una grande cupola su tamburo ottagonale e con un elegante prospetto laterale su via Raddusa. A pianta ottagonale, ha, nell'asse longitudinale, l'ingresso retto e la profonda abside e, nell'asse trasversale, due cappelle rette; gli assi diagonali si concludono invece con quattro cappelle semicircolari. Particolarmente raffinate le decorazioni: su un fondo di stucco bianco si staccano gli altari in marmo giallo di Castronovo sormontati da statue in stucco lucido.