Creato nel 1860 da Gaetano Giorgio Gemmellaro, primo professore di Geologia e Mineralogia dell'ateneo palermitano, il museo dipende dall'Università e vanta un patrimonio di circa 600.000 reperti divisi in 12 collezioni (paleontologica, litologica, stratigrafica, vertebratologica, micropaleontologica, mineralogica, sistematica, paleobotanica, didattica, di confronto e di calchi). È dotato di pannelli didattici. L'esposizione è articolata su tre piani. Al piano terra, nel salone Enzo Burgio, è illustrata la storia geopaleontologica della Sicilia. Al primo piano sono visitabili due sezioni: una è dedicata ai cristalli provenienti dalla zolfare siciliane; l'altra illustra la presenza umana in Sicilia con l'esposizione degli scheletri del Paleolitico superiore, testimonianza delle uniche sepolture in Sicilia, e la ricostruzione scientifica del volto della "prima siciliana", Thea. Al secondo piano, in un ampio salone, è illustrata l'evoluzione degli elefanti siciliani, attraverso diorami, montaggi anatomici e ricostruzioni in scala delle varie specie di proboscidati che si sono avvicendati nel tempo