Il museo custodisce numerose opere provenienti dalle chiese della città, tra le più rappresentative della pittura e della scultura meridionali dal XIV al XVIII secolo. Di rilievo il Sepolcro di Geronimo Rosso (1506-1508) di Antonello Gagini; Madonna in trono con Bambino e Angeli (1505) di Antonello de Saliba; Salvatore Mundi di Polidoro Caldara da Caravaggio, vari dipinti di scuola polidoresca del XVI secolo, opere di scultura e intaglio ligneo e numerosi arredi e oggetti decorativi