Attualmente il museo si compone di quattro sezioni: storico-archeologica, che accoglie materiale ceramico che va dalla preistoria al periodo postmedievale, proveniente dal territorio di Cutrofiano e di altri centri vicini; storico-artistica, che espone ceramiche invetriate e smaltate prodotte a Cutrofiano e in altri centri della Puglia e dell'Italia meridionale; antropologica, che conserva oggetti d'uso grezzi e invetriati, prodotti nel corso del XIX secolo e nella prima metà del XX; tecnologica, che accoglie attrezzi e strumenti usati per la produzione della terracotta e provenienti da botteghe locali ormai scomparse