Sistemato dal 1948 nel complesso conventuale domenicano, con ingresso a sinistra della chiesa, è diviso in due sezioni: etrusco-romana e preistorica, inizialmente conservate l'una nel palazzo dei Priori e l'altra nel palazzo Donini. La sezione etrusco-romana rappresenta il primo nucleo del museo, creatosi con la donazione (1790) della raccolta di antichità del patrizio perugino Francesco Filippo Friggeri, arricchita successivamente da materiali provenienti da scavi nella zona e da altre donazioni (Guardabassi, Faina, Conestabile della Staffa). Nel 1921 venne donata alla città la raccolta Bellucci, comprendente materiali preistorici e paleontologici, ampliata con reperti degli scavi di Umberto Calzoni a Cetona (Siena). Il museo è statale dal 1962.<br>La sezione etrusco-romana è ordinata in gran parte nelle celle conventuali che si affacciano sulla grande galleria seicentesca; comprende materiali villanoviani (sec. IX-VIII a.C.) da Perugia città e dalle necropoli del Palazzone presso Ponte San Giovanni, e ceramica attica a figure nere e rosse.<br>Notevole il cratere di fabbrica volterrana (dall'ipogeo dei Volumni) del Pittore di Hesione, così detto dalle figure riprodotte. Sono presenti inoltre reperti provenienti da aree sepolcrali della zona: necropoli di Monteluce, del Frontone, dello Sperandio, di S. Caterina, di S. Giuliana.<br>Degno di nota, all'esterno della sala VII, il cippo di Perugia (sec. III-II a.C.), uno dei più lunghi testi in lingua etrusca a noi giunto, che sancisce il contratto tra due famiglie riguardo alla proprietà di un terreno.<br>In una sala, suggestiva ricostruzione ipogea della tomba etrusca dei Cai Cutu, in uso dal III al I secolo a.C. (conteneva ben 50 urne cinerarie), rimasta inviolata fino alla scoperta nel 1983. Tra i materiali d'età romana, imponente statua bronzea di Germanico (momentaneamente in prestito al Museo Archeologico di Amelia): di altissima qualità, raffigura il personaggio in veste trionfale, con indosso una corazza dov'è riprodotto l'agguato di Achille a Troilo.<br>La sezione preistorica è organizzata per località di provenienza dei materiali e per ambito cronologico-culturale: comprende reperti dal Paleolitico all'Eneolitico. Al piano superiore, nel salone dei Bronzi, materiali delle età del Bronzo e del Ferro provenienti da località dell'Umbria (si noti la rara spada ad antenne, da Perugia), delle Marche e dell'Abruzzo; inoltre, reperti tratti dagli scavi di Cetona.<br>Di interesse anche la collezione di amuleti e strumenti magico-religiosi raccolta da Giuseppe Bellucci - la più ricca nel suo genere - che documenta la sopravvivenza di pratiche e credenze rituali arcaiche in Italia tra '800 e '900.<br>Nell'ex convento domenicano ha sede anche l'Archivio di Stato, che custodisce preziosi documenti tra cui: bolle, diplomi, lettere, registri, alcuni con miniature dal 991 al 1851; gli Annali Decemvirali (secoli XIII-XIX), gli Atti del governo pontificio dall'instaurazione al 1860, fondi di istituti assistenziali e di ordini e corporazioni religiose soppressi.