Il nucleo storico del museo è di origine lorenese e formava un complesso unitario con le altre sezioni della Specola fino allo smembramento ottocentesco; l'ordinamento attuale è stato aperto al pubblico nel 1963. Di particolare rilievo è la collezione di vertebrati. La sezione contenente fossili di invertebrati, piante e rocce è a disposizione dei soli ricercatori