Pochi dubbi sul tipo di museo lascia la gigantesca àncora collocata all’ingresso (appartenuta alla Tegetthoff, corazzata del 1912). Il museo – la cui origine si può far risalire alla casa dei Modelli realizzata verso la fine del ’600 nell’ambito dell’Arsenale – espone su cinque piani una ricca raccolta di cimeli, modelli, trofei, armi, plastici, piante, mappe e portolani connessa a vari aspetti della storia delle antiche Marine (in particolare quella veneziana) da un lato, e della Marina Militare Italiana, che ne è proprietaria, dall’altro. Già nelle prime sale, il monumento funebre ad Angelo Emo, ultimo capitano da mar della marina veneziana, scolpito dal Canova, e un esemplare di siluro a lenta corsa (maiale) della seconda guerra mondiale simboleggiano questa doppia valenza. Tra i moltissimi pezzi interessanti, al primo piano, il modello del Bucintoro, sfarzosa imbarcazione usata dal doge nella cerimonia dello sposalizio col mare. Compresa nel museo è la cosiddetta sala delle Navi, corrispondente ai tre edifici dell’antica officina Remi dell’Arsenale su fondamenta della Madonna: vi sono conservate vere imbarcazioni storiche, da antiche barche lagunari alla sezione poppiera del panfilo Elettra di Guglielmo Marconi. Il museo dispone di due spazi aperti all’Arsenale Vecchio (vi sono sistemati una motozattera da guerra e il sommergibile Dandolo).