Collocato al piano terra del palazzo della Loggia, oggetto di completi scavi, rimanda al nucleo originario savonese, costituitosi su questa collina. Gli studiosi hanno portato alla luce una suggestiva necropoli del V-VI secolo, la cui visita è inserita nel percorso; egualmente interessanti sono i mosaici pavimentali nord-africani (secoli III-IV). Fra gli altri pezzi, reperti dell’età del Bronzo, un bucchero etrusco (secolo VII-VI a.C.) e uno skyphos greco (secolo V a.C.). Data dal basso medioevo al secolo scorso la pregevole produzione locale di ceramica, tra le più importanti dell’Europa mediterranea, con esemplari di varie lavorazioni, dalle primitive graffite e ingobbiate alle più raffinate ceramiche smaltate e invetriate. Nel museo sono esposti anche un notevole pluteo marmoreo, un tempo nella cattedrale romanica di S. Maria, e un rilievo marmoreo del II secolo d. C. in cui è raffigurata una Caccia al cinghiale, ritrovato tra Vado e Savona. Sempre nel palazzo della Loggia, al piano intermedio, è la Collezione d’Arte Sandro Pertini, che raccoglie un centinaio di opere collezionate dall’illustre uomo politico savonese e donate dalla vedova Carla Voltolina alla città. Tra gli autori, nomi prestigiosi: Morandi, Sironi, Rosai, Moore, De Chirico, Guttuso, Miró, Vedova, Tàpies, Fabbri, Arnaldo Pomodoro e altri.