Costituito nel 1979, il museo ha sede nel teatro Gianduja, nei locali sottostanti la settecentesca chiesa di S. Teresa, dove dà spettacolo la compagnia marionette Lupi, una delle più antiche dinastie marionettistiche d'Italia, con duecento anni di attività, e dove si svolge anche una vera stagione teatrale con compagnie e ospiti legati sia alle figure marionettistiche sia alla prosa. La collezione annovera centinaia di marionette, pupi siciliani, arredi, costumi, copioni, oggetti di scena, mezzi di trasporto in miniatura per le scenografie: un patrimonio di oltre 5.000 pezzi, alcuni dei quali di notevole interesse. Rilevante è anche la raccolta di fondali, dipinti dai più celebri pittori e scenografi attivi al Teatro Regio nel corso del Settecento.