Il nucleo centrale del museo è rappresentato dall'apparato decorativo della chiesa di S. Francesco: resti delle storie di S. Francesco a fresco, di Antonio Alberti (1422-23); affresco di Bartolomeo Caporali (1491) al primo altare sinistro; banco del Magistrato di Antonio Bencivenni, addossato alla parete sinistra. Il primo altare destro conteneva il gonfalone con la Madonna del Soccorso del Caporali (1481), temporaneamente collocato nell'attigua Pinacoteca, che comprende: dipinti dal XV al XVIII secolo; un gruppo ligneo del '200, superstite di una più complessa composizione; una raccolta di tessuti (dal XV secolo) e di teli umbri (le «tovaglie perugine», secoli XV-XVIII); arredi liturgici (XVII-XIX).