Fondato nel 1876 dal paleontologo Luigi Pigorini, il museo conserva le collezioni etnografiche del gesuita Athanasius Kircher (XVII secolo) incrementate, tra il 1875 e il 1910, con oggetti raccolti da missionari, viaggiatori ed esploratori. Vi sono confluite anche le collezioni un tempo esposte presso la sede della Società Geografica Italiana, con materiali provenienti per la maggior parte dall'Africa. La raccolta è organizzata in due settori: preistorico ed etnografico. La sezione preistorica e protostorica italiana comprende strumenti in pietra levigata, ceramiche neolitiche, corredi villanoviani, bronzi nuragici e la Fibula Praenestina in oro che reca incisa una delle iscrizioni latine più antiche ritrovate (VII secolo a.C.); la sezione etnografica espone oggetti appartenenti a culture indigene extraeuropee. Accessibili al pubblico anche due nuove aree espositive, dedicate alla metodologia dell'indagine preistorica e al percorso evolutivo.