Il museo, nel palazzo tardorinascimentale Brugiotti, è allestito in cinque sale e si articola in diverse sezioni tematiche, dall'esposizione della ceramica di semplice impasto, ai manufatti di produzione castrense. Di rilievo sono i reperti conservati nella sezione della speziera, con l'antico corredo di uno speziale trovato in un unico "butto", ma soprattutto la quattrocentesca zaffera a rilievo, di cui Viterbo è stata uno dei centri di produzione