È ospitato al primo piano della Rocca, sede anche del municipio. Allestito in diverse sale, alcune con decorazioni originali, annovera tra i pezzi più significativi gli affreschi di Lelio Orsi staccati dal Casino di Sopra, pezzi autentici della zecca, documenti relativi al territorio, dipinti di scuola emiliana; una sala, di recente allestimento, è dedicata ad Augusto Daolio, fondatore del complesso musicale dei Nomadi, e conserva suoi dipinti e disegni. Pregevole la raccolta di ceramiche (secoli XVI-XVIII) provenienti dalla ex spezieria dei Gesuiti; questi, chiamati in città nel 1570 dal conte Camillo Gonzaga, fecero di Novellara una loro base primaria fondando un noviziato e portando un forte nucleo di servizi sociali, soprattutto scuole e assistenza sanitaria; aprirono un’imponente farmacia, ove i medicamenti venivano prodotti elaborando sapientemente gli elementi naturali, la cui conservazione richiedeva una strumentazione funzionale e di carattere classificatorio: una serie di batterie di vasi, nobili all’aspetto e sicuri per il sigillo delle essenze, che recassero ben visibile il marchio religioso della Compagnia e l’indicazione nomenclativa del contenuto. Convennero così in Novellara, all’inizio del XVI secolo, molte decine di vasi provenienti da celebri botteghe maiolicare italiane; le ordinazioni e gli acquisti dei Gesuiti si susseguirono per due secoli, componendo una raccolta di eccezionale quantità e pregio. Nel 1774, a seguito della soppressione dell’Ordine, Luigi Mazzerini, già frate speziale del convento, acquistò tutti gli oggetti in ceramica e vetro della farmacia, e alla sua morte li donò al Comune. Oggi nel museo sono esposti oltre 160 pezzi di questa collezione, forse unica in Italia e una delle più importanti d’Europa. Ad albarelli, brocche, boccioni veneti del Cinquecento si affiancano pregiati vasi lodigiani del Settecento. Tutti sono splendidamente decorati, spesso figurati e legati dal medesimo monogramma stemmato del nome di Gesù. Un tesoro artistico che è stato anche una fonte basilare di informazioni per lo studio della storia della farmacia.