Istituito nel 1972, con sede in un fortino borbonico sette-ottocentesco, il museo accoglie i reperti rinvenuti nel sito di Naxos, la più antica colonia greca di Sicilia, testimoniandone la florida vita culturale già nei primi secoli dopo la fondazione (735 a.C.). Tra i materiali esposti, si ricordano frammenti di coppe corinzie tardo-geometriche della classe di Thapsos, manufatti bronzei (prezioso un elmo sbalzato della fine del IV secolo a.C.) e una raccolta numismatica. Un plastico illustra l'assetto urbanistico dell'antica colonia greca