Il museo si articola in due sezioni principali dedicate alla città e al territorio, strutturate secondo un criterio topografico. Al piano terra viene ricostruita la storia dell'antica Kroton, importante centro della Magna Grecia, dalla protostoria al medioevo e sono esposti materiali provenienti dai diversi scavi effettuati sul territorio urbano; di particolare interesse le ceramiche dall'area dell'antico Kerameikos, il quartiere delle botteghe artigianali della polis. Al primo piano sono le testimonianze provenienti da diverse località del marchesato e dai principali santuari greci di Vigna Nuova a Crotone, di Hera Lacinia a Capo Colonna, del tempio di Apollo a Cirò e di S. Anna. Di grande rilievo la sala dedicata al Tesoro di Hera, dove è esposto, tra l'altro, un diadema in oro. Infine sono esposte alcune monete bizantine e greche.