Sorge in piazza S. Tommaso, nel cuore della Terravecchia, il nucleo nord-orientale della città di età romana e medievale. Intitolata nel 1258 all'apostolo Tommaso e ricostruita dopo la seconda guerra mondiale, conserva sulla facciata frammenti del portale dell'ortonese Nicola Mancino (1311); quello del fianco sinistro, più semplice, è probabilmente più antico. Annesso è il Museo di Arte sacra che accoglie 40 dipinti dal sec. XIV, argenterie, ceramiche, monete e resti archeologici.