La vastità di queste catacombe, seconde soltanto a quelle di Roma, testimonia il fondamentale ruolo ricoperto da Siracusa nell'epoca di maggiore diffusione del cristianesimo. Le più importanti catacombe siracusane sono quelle di S. Lucia, di Vigna Cassia e di S. Giovanni. Queste ultime, che sono le più recenti, risalgono al IV secolo e nel loro primitivo impianto presentano una struttura reticolare regolare ricavata dall'ampliamento di un acquedotto greco (le cui tracce si possono notare sulle volte del percorso principale). Le gallerie recano sui muri migliaia di loculi destinati a raccogliere le salme e conducono a cinque cappelle circolari dette "rotonde", in una delle quali è stato rinvenuto il bel sarcofago di Adelfia. Accanto alle catacombe è la diruta chiesa di S. Giovanni Evangelista, che venne edificata sulla cripta dove secondo la tradizione fu sepolto S. Marciano, primo vescovo di Siracusa (VI sec.). La chiesa bizantina, che rappresentò il primo duomo della città, era suddivisa in tre navate dalle colonne ancora esistenti. Dopo le devastazioni arabe, fu restaurata dai normanni, come testimonia il prospetto occidentale, e infine venne distrutta dal terremoto del 1693, che fece crollare la copertura mai più innalzata. Una scala sulla destra dell'ingresso dà accesso alla suggestiva cripta di S. Marciano, di impianto bizantino, che fu creata nel sito di un ipogeo arcaico e in cui in epoca normanna vennero costruiti i quattro pilastri inglobanti quattro capitelli con le raffigurazioni degli evangelisti.