Allestito ai margini della laguna, il centro comprende un acquario con le specie ittiche più rappresentative dei nostri mari; una sala del Benthos con vasche per organismi della fauna acquatica che vivono sul fondo marino come aragoste, magnose, ricci, stelle di mare; la Galleria dei cetacei, dedicata ai mammiferi marini; un centro di recupero con una grande vasca circolare per i Selaci (gattucci, razze, torpedini) e una vasca per l'ospedalizzazione dei delfini e delle tartarughe marine spiaggiate. Lungo un percorso sulla penisola di Fradis Minoris si trovano informazioni sull'ecosistema lagunare, gli esemplari della macchia mediterranea, la vegetazione tipica delle zone umide e gli uccelli che le popolano. Escursioni in sicure canoe biposto permettono di esplorare la laguna e osservare da vicino questi ambienti ricchi di uccelli e piante tipiche. Il percorso snorkeling, autorizzato dalla Soprintendenza ai Beni Archeologici, è condotto da una guida che accompagna i visitatori lungo i bassi fondali della baia, per circa 500 metri lungo i quali, oltre alle osservazioni archeologiche, si possono scoprire le belle formazioni coralligene ricche di poriferi, celenterati ed echinodermi e popolate da tordi, donzelle, triglie, scorfani, ghiozzi, murene, polpe, salpe, saraghi e muggini.