L'orto botanico, annesso alla facoltà di Agraria, è stato istituito nel 1872 ed è il risultato della trasformazione dei due grandi parchi del Palazzo Reale di Portici, il parco superiore o Gussone, dedicato al botanico avellinese Giovanni Gussone (1787-1866), e il parco inferiore con avanzi delle pescherie. Le raccolte derivano, oltre che dal preesistente patrimonio del giardino borbonico, da donazioni, acquisti e scambi con altri orti botanici italiani e stranieri.